这个时期，整个社会环境不利于中医事业发展，即使中医有效，也不会进入公众视野。此后不久，郭可明先生治疗乙脑，众多中医人士治疗麻疹肺炎、流行性出血热，虽然有很多代表人士、成功的英雄，但是，他们的技术与理论，都是有渊源的。那么，在-年期间，为什么不见报道？此前，《医学衷中参西录》等很多名家著作之中，也可以看到中医成就被人们有意无意地视而不见了。中医外感热病的效果，被阿司匹林退热速效、抗生素治疗细菌性炎症的高效快捷，无意之间做成了一些假象：中医没落了！！！中医逐渐沦落成为可有可无的补充医学。这些埋没中医成就、贡献的历史条件，以及暂时的中西医之间利弊得失的比较，严重影响了日后中医的命运。假如没有毛泽东重要批示扭转歧视中医、改造中医的社会现象，中医早就消失了。中医在建国后的重新崛起，西医学习中医，创立了很多可以展示给世界的重要成就，也使我国在世界医学领域，有了别人不可比拟的成就。这些成就，也促使日本，在取消中医（汉医）几十年之后，又一次迎来了汉医复兴的大好局面。历史不能隔断，这段复杂历史、坎坷命运，值得我们反复思考，常念不忘。
中西医团结时期的外感热病学说
通过对比，不难看出，与年国民党政府公布的《中医条例》相比，新的《中医师暂行条例》对中医师资格的规定提出了更加严格的要求。如关于学历的规定，对中医函授教育及传统的师徒授受与父子相传的教育方式一概不予承认，只有在私立或公立3至4年制中医学校毕业者，才发给中医师证书。而当时的中医界尤其是分布于广大农村的几十万中医中具有这种正规学历者为数极少。《条例》虽然仍承认国民党政府颁发的中医师证书，但由于抗日战争的爆发，国民党政府年公布的《中医条例》基本上没能实行，取得中医师证书者自然寥寥无几。
《条例》规定，本条例公布前，经省、直辖市以上人民政府卫生主管机关考试及格，发给中医师证书者，可以承认其中医师资格。而实际上各地在考试中偏差相当突出。据“年东北医务人员考试总结”附表记载，参加中医师考试者共有人，合格者仅人；参加中医外科考试者人，合格者仅8人；参加中药士考试者人，合格者仅人。组织考试的基本精神是：“对中医师试题主张以科学立场出题，推翻五运六气老一套”，“中医师、中医外科、中药士等出题，大都是选用与近现代医学相吻合者为标准，故于解题时，须说明答题态度，不可用五运六气，妄谈空论”，并规定“凡年逾六十岁以上，或技术恶劣，及有能以影响医疗工作之疾病者”不准参加考试。年全国92个大中城市和个县登记审查的结果，合格的中医只有1万4千多人。中医水平较高的天津市，参加考试的多个中医只有55个合格。
张亭栋先生说：“年我于哈尔滨医科大学毕业，被分配到东北人民政府卫生部工作，当时的卫生工作正受着主张消灭封建医（指中医）的影响，派了很多工作组深入到东北各市、县，对中医进行考试和改造，经考试合格者为限地医，否则吊销开业执照。这对广大的中医来说，确是一场灾难，吊销开业执照就是宣告失业，或转业另谋生路。行医几十年再重新另找谋生之路谈何容易！年老体衰，力不从心，另操他行，要从头学起，在农村唯一的出路就是务农。所谓限地医的含意就是只能在进行过考试的地方当医生，到另外一个地方就不是医生了，并且再不准带徒弟。政策决定了中医的前途是暗淡的。为什么大多数的中医考试不及格而被背取缔呢？因为考题都是西医内容，对中医来讲当然是强人所难了。我还记得有这样一道题，‘试述肾脏的功能’，结果答卷是‘左者为肾、右为命门……’，判卷的人是西医，这道题当然就是零分。考试不及格就要封门闭店，这是命令，必须照办，我是命令的执行者。”
中医进修学校的课程为基础医学（包括解剖、生理、病理、医史、药理、细菌、寄生虫学），预防医学（包括公共卫生、传染病学），临床诊疗技术（包括内、外科、急救学、针灸疗法、组织疗法），社会科学（包括社会发展简史、新民主义论、时事报告）等四种，其中没有一门是中医的课程。虽然无论从当时防病灭病的卫生工作实际需要而言，还是从医学发展的长远规划而言，号召中医学习基本的西医理论与技术都是必要的。但如果不同时建立传授中医理论和技术的官方教育机构，对民间师徒授受和父子相传的教育方式又不予承认，那就意味着产生中医的教育已经停止。
中医进修后，一般都放弃私人业务，参加政府卫生组织为人民服务。如北京中医进修学校先后毕业7班，有名学员由政府分配到河北、陕西、山西、绥远、山东、浙江、辽西、天津等省市及其他县区基层卫生组织参加工作。此外大部分学员都响应政府号召，组织联合诊所，至年北京郊区、矿区、医药空白区，已有42个联合诊所分布。又如西康省中医进修毕业学员名，除一人因病未分配工作外，其余均吸收参加了工作。具不完全统计，全国已有1万1千多处由中西医参加的联合诊所，在爱国卫生运动中，尤其在农村的疾病预防工作中发挥了重要作用。
中医进修工作确实取得了一定成绩，但也存在着不少问题，其中最突出的是中医进修科目虽多，而中医课程却太少，达不到提高中医和中西医学术交流的目的。连进修学校的西医教师也提出了改进意见。如无锡中医进修班主讲肠胃传染病学的许济弘即提出如下建议：“无锡中医进修班所采教本，大多是北京中医进修学校所编的，内容完全是科学化的新说，这原是很正确的，不过药理学和诊断学也全盘西化，对于经专家证明的一部分有效中国方药，以及中医独擅的舌苔学等，都摒而不论，这种偏向，非特有违‘中医科学化不是西医化’的进修宗旨，抑且中医进修后，仍名中医，治病时，仍需应用中国方药（不过可以参用西药罢了），而在进修课程中，竟无中医学或科学中医方剂学，岂非和实践相脱节吗？所以我建议医政当局，应将一部分中医进修教材中，兼采有科学价值的中医方药或治疗（尤以药物学为甚），以利过渡时期的人民需要。”
中医进修学校或进修班所从事的教育，不是“产生新中医”的教育，而是以西医基础理论和技术改造现有中医的教育。任应秋先生解放初任重庆市第一中医进修班教师，对这种教育提出了异议，他对中医队伍素质低下的状况进行了分析之后指出：“这样低下的文化水平的中医，就连所谓‘不科学’的那一套中医理论都极其浅薄而幼稚。因此，欲使其参加校或班的进修，实有先予补习旧的理论知识的必要，尤其是关于中医的临床治疗的理论知识，应先给予充分的补习，例如中医在临床方面之所以能灵活运用方药，解决问题，全凭着对病人有机整体的综合分析是否正确来决定。------但是由于一般中医文化水平的低下，具有掌握这种认识疾病的体系概念的技能，为数并不多。而这种体系概念，实为中医临床治疗的最低要求，这也就是中医的原有基础。若此最低的原有基础而不具，便无从进修提高，像这样的中医在进修教育里，可能是西医既不懂，中医也不懂，白费时间，无所获益。”
任应秋先生在《我对中医进修教育几点不成熟的意见》一文中，不无忧虑地说：“中医通过进修以后，在预防工作方面获得一些成就，是不是便等于丰富了中医医学，而提高了中医的临床治疗经验，逐步进入更科学化？可说还没有达到这个地步，相反的，在个别进修教育过程中，还存在有‘中医西医化’的倾向。有的甚至把在进修中的中医们的思想弄得一团糟，比较有中医学基础的，被‘不科学’三个字吓退了，而发生动摇；中医学基础较薄弱的，便‘尽弃所学而学焉’，干脆摇身一变而为‘西医’，即被一般叫作新江湖医生。这种新江湖医生，他们无论私人开业或参加联合诊所，信手处方便是醋柳酸、辛可芬、乙酰氧乙本胺等，甚至随手便使用青霉素、链霉素一类抗生素药，中药的处方，只字不提了。”这种现象在全国也是很普遍的。
中医西化的原因除了教育引导不当之外，普遍认为中医理论陈腐玄虚的悲观情绪和没落意识，也是其中非常重要的根源。任应秋教授在“中医科学化”错误思潮影响下，于年撰著《中医学术研究讲稿》，其中充满了对中医理论按西医标准进行评判和改造的论点，他说：“五脏六腑之分，全无意义，予以废除，亦无碍于中医之发展”。他对中医的呼吸理论、脉搏机制也完全按西医的解剖生理为是非标准进行批判。笔者在这里翻开这些陈年旧帐，并不是要追究谁的历史责任，而是用以揭示当年中医学没落到了什么地步，只是为中医学感到悲哀！因为从王清任《医林改错》用解剖实证的方式，作为评判中医脏腑理论正确与否的标准开始，就为后世否定中医的脏腑理论留下了伏笔，任应秋先生的错误认识可谓渊源有自。
总之，新的中医不再产生，原有的中医要接受学术改造，不接受改造的或改造不好的则被淘汰，这是贯彻《中医师暂行条例》和倡办中医进修学校或进修班的必然结果。这些措施使广大的中医陷于被轻视、歧视的境地，使中医事业受到严重的排挤和限制，甚至面临着被消灭。
在这样的情况下，“团结新老中西医”的卫生方针势必不能被很好地执行，中医的外感热病学说也不会有什么发展。但是，50万中医的大多数在接受了西医知识培训之后，积极地参加到“预防为主”的爱国卫生运动之中去，并且积极开展预防接种，用新的抗菌素进行治疗，这些措施无疑会有利于传染性疾病的控制，也有利于感染性疾病的治愈。新中国成立短短的几年，就能够消灭性病，控制住严重危害人民健康的传染病，这些成就的取得，50万中医的贡献也在其中。广泛推广中西医药并用，应当是这一时期外感热病治疗过程的特点。
中西医结合时期的外感热病学说
解放初卫生行政部门虽然对中医采取了轻视、歧视、限制的错误做法，迫使一些中医失业，或改行经商、做小学教员，引起许多中医的不满，但他们多未采取什么反抗的行动，这与在国民党时期进行反废止斗争的情形有着明显的区别。原因何在呢？
首先，是由于对中国共产党和中央人民政府的信任。中国共产党领导全国人民推翻了三座大山，建立了人民当家作主的新中国，使人民群众拥有了生产资料，政治、经济和精神上都获得了解放，在人民群众中间建立的崇高威望是以前任何政党和政府所无法比拟的，真诚的拥护和信任，使得人们一般不会怀疑党和政府的正确性。而且政府卫生部门虽然采取了改造与限制中医的错误做法，但没有像余云岫那样明确提出“废止旧医”的主张；
其次是对阶级斗争的惧怕。当时正在进行着土地改革，划定阶级成份，虽然能戴上地主富农帽子的中医不是很多，但大多数中医的家庭成份不会是贫农或“无产阶级”，因为学习中医往往需要初通文字，所以他们的出身一般在中农以上。尽管年第三届全国卫生会议决议中规定：“医院和诊所一般应视为社会福利事业，医生（包括院长）是自由职业者，因工作需要而雇佣一些助手，不宜当作劳资关系来处理”。但实际执行中的偏差还是有的。当然，即使没有偏差，中医被划为农村的“中农”或城市的“自由职业者”，这两类人都是“以工人阶级为领导的、以工农联盟为基础的人民民主专政”的团结改造对象，他们不太可能采取明显的反抗行为。
解放前曾主办《医界春秋》，在反对废止中医斗争中起过重要作用的上海著名中医张赞臣，于年撰文说：“我个人过去虽然参加过中医（反废止）斗争工作，为保存祖国医学遗产尽过一份力量，但在解放以后就没有坚持下去。对于卫生当局歧视中医、违反中医政策的措施，我也敢怒而不敢言，没有能及时揭发出来，并且对中医工作产生了消极观念。现在卫生部门逐步在纠正过去的偏差，开展了批评与自我批评，使我感到无限的兴奋和无比的惭愧。今后一定认真学习政策文件，学习马列主义，要在无产阶级的立场上，肃清自己的错误思想，纠正自己的错误行动，并进一步学习巴甫洛夫学说，更好地为中医工作而努力，为祖国卫生建设事业而努力！”
另外一个重要原因是中医和西医相比已在某些方面失去了优势。回忆年国民党废止中医时，中医学的内科临床疗效总体上要高于至少不低于西医。年陆渊雷撰文，对当时西医治疗感染性疾病或传染性疾病方面存在的弱点，表述得何等淋漓尽致！而自那以后的20年时间里，中西医的发展显示出绝对的不平衡性：“年至年这十年，由于磺胺和青霉素进入临床，才使以往一大批不治之症得以解决。所以，一般认为现代医学应该从这些相对说来是近来的事件开始”——《希氏内科学》（第15版）的开篇几句，应该是具有权威性的见解。磺胺和青霉素，取代美兰、萨罗、二二零、杏仁酸、伏洛托品、红色百浪多息等，进入感染性疾病的临床治疗后，使以往一大批不治之症得以解决，西医再也不是20年前只能对证治疗的西医了。这使得惯用六经辨证和卫气营血辨证进行治疗热病的中医，遇到了空前强大的竞争对手。不妨再来看看陆渊雷年8月在第一届全国卫生工作会议上的发言：“中医只有治疗，是没有预防的。----今天上海的中医对于预防工作，已经很愿意接受去工作。我是中医，不主张消灭中医，而主张把中医科学化。至于中西医（新旧）名称问题，我并不坚持意见，只是把中国医学的种子传下去就可以了。”其语气的不轻松，完全像在订立城下之盟。这与年那篇带有十足讽刺意味的文字相比，差别何其明显！中医学术的停滞和西医学术的飞速发展，使拥有数十万之众的中医阵营，已不那么凝聚而自信了。犹如练了一辈子刀枪不入功夫的武士，面对洋枪洋炮时必然会丧失当年与红缨枪、大刀片搏斗的英雄气概，似乎若不面对现实，那就只有悲壮的结局了。
由于对党和政府的信任、对阶级斗争的惧怕、对中西医优劣的重新比较，在中医学存续受到严重威胁的时刻，中医界并没有像30年代那样奋起抗争。倒是毛泽东主席在“三反五反”运动中，发现了卫生部存在的严重问题，及时进行了批判和纠正，才改变了中医发展的历史。
在“三反五反”的“反官僚主义”斗争中，毛泽东主席看了白学光写的一篇反映军委卫生部官僚主义作风问题的报告后，联想到其他政府部门或许也有类似的情形，于是，年4月3日就白学光的报告写了如下批示：
“周恩来、习仲勋、胡乔木、彭德怀、黄克诚、贺诚各同志：白学光同志这个报告，深刻地揭露了军委卫生部的领导方面所犯的极端严重的官僚主义。因为白学光的揭露，使我想到政府卫生部的领导工作是否和军委卫生部的领导工作有多大的差别，我怀疑政府卫生部的领导工作可能和军委卫生部的领导工作同样是一塌湖涂，既看不到政治领导，也看不到认真的业务和技术领导，只是没有白学光这样一个人做出这样有条理有根据的揭露，所以我们还不知道。请习、乔参考白学光的报告，严肃地检查一次政府卫生部的工作，看和军委卫生部好的多少？并对存在的问题决定解决方案，付诸施行。无领导、无政治，也不认真管业务的部门──专门吃饭、做官、当老爷的官僚衙门，除军委卫生部外，可能还有别的部门，请你们在此次反官僚主义斗争中，撕破面皮，将这些彻底整垮改换面目，建立真正能工作的机关。”
遵照毛泽东主席的批示，中央文委对卫生部的工作进行了深入的检查，从而发现卫生部在贯彻“团结中西医”的卫生工作方针方面，存在着轻视、歧视、限制中医的严重错误。
毛泽东主席于年春节座谈会上再次指示必须改进中医工作，为卫生部门制定中医政策确定了新的指导思想。年2月25日政务院第次政务会议批准的《第三届全国卫生行政会议决议》，在总结卫生部过去4年来的工作情况时指出：“我们对中医常常片面强调他们的缺点，没有看到中医是我国宝贵民族文化遗产之一，在广大人民中有很大作用，因而产生轻视和歧视的现象。”
《决议》强调，必须采取下列措施，以加强中医工作，充分发挥中医力量：
（一）在各级卫生人员中，普遍进行关于团结中医政策的教育，坚决克服忽视和歧视中医的偏向；
（二）各级卫生机关应酌情吸收中医参加工作，建立和加强管理中医的机构。各大区、省（市）均应在最近期间召开一次中医代表会议，听取其意见，改进中医工作；
（三）保证中医的正常开业。中央卫生部原已公布的“中医师考试暂行办法”和“中医师暂行条例”，要求过高，不切实际，应行修改。联合诊所中，并行实行按技术、劳力取酬的工资制度，其内部成员的关系不能视为劳资关系；
（四）中医进修的主要目的在于提高政治觉悟和业务水平。进修内容应交流中医临床经验，同时学一些必要的西医基础医学知识和政治知识；
（五）对成药管理应制订妥善办法；
（六）举办中医药研究所，扩大针灸研究工作，举办针灸训练班。为防止中医经验的失传，对全国各地有经验的年老中医，应用通讯和访问等办法，把他们的经验记录下来，鼓励他们传授。在西医中指定有研究能力的人研究中医学，吸取其合理部分；
（七）健全中医团体，加强领导。改进和提高中医药刊物。
上述各项措施基本上体现了毛泽东主席对改进中医工作的指示精神。毛泽东主席的批评与指示，年6月29日在卫生部进行了传达。对歧视、限制中医的错误做法展开批判的过程，实际上主要是自上而下的传达、贯彻毛泽东有关指示的过程。台湾关心中医事业的陈立夫先生曾说：“毛泽东对中医药，他是有功的。-----所以，我将来要给毛泽东写传，要颂扬他。”
在毛泽东的关怀下，中医医院，并在全医院，为验证中医疗效、开展中西医结合，奠立了基础；开展了大规模的西医学西中医的运动，这在从前是不可想象的，因为自本世纪开始之后，中医长期被认为是不科学的，只有中医学习西医的必要，而没有大规模西医学习中医的可能；成立了中医研究院，使古老的中医学术能够逐渐得到科学的解释、验证，走进现代科学的殿堂；成立中医学院，使古老的中医学成为吸引有志青年的高等学府，从根本上解决了中医后继乏人和自生自灭的低素质循环的状况……这一切为中医的复兴奠立了基础。
年10月11日，毛泽东在卫生部总结第一届西医学习中医班的情况报告上批示说：“中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力挖掘，加以提高。”可以说这是中医学在本世纪内获得的最高评价，一向被认识为不科学的中医学以及它的从业人员，此前是不敢奢望的。
中医的地位恢复之后，中医学的完整性才得以保存，中医治疗外感热病的学说才有可能得到丰富和发展。但是，在中西医结合的背景下，人们不可避免地会以西医的观点看待传统的中医理论，关于伏气温病的学说，就引发过这样的争论。卫生部副部长郭子化，于年5月31日在国家科委中医中药组成立会议上的讲话中，提到修订中医教材的问题时说：“关于编写中医教材的问题，我从年开始一直到年，不断地在抓中医教材，年比年的教材质量提高了，原因是中医经过温课提高了业务水平，在教学上比以前边编、边教、边学时方便了，效果也好了。但没有过去边编、边教、边学的实践，就没有后来的提高。这时我主观认为，再过三年，教材就可以大大提高它的科学性了。但到年把各省的教材稿一看，打破了我的想法。我只好降低要求，提出：①按中医体系编写。②凡明显违反科学常识的东西，无论如何不能编写进去。即使这样降低标准，还碰了大钉子。如《伤寒论》中提到冬天中了寒，当时即发病的便是伤寒，若传入肌肤，春天发病的为春温，暑天发病的为暑温。我认为这一类内容就不应该编入教材中去。可是有少数中医认为《内经》是这么说的，张仲景也是这么说的，不能违背经文，否则就没有《伤寒论》《温病学》了。甚至有的中医联合别人提出要保护中医与我斗争，使我受到了很大的教训。我深深体会到若不经过大量的临床实践和科学实验，来研究整理，把精华和糟粕分开，想要提高教学质量，把中医教材提高到现代科学水平是不可能的。”
郭子化提到的区分精华和糟粕的工作是相当困难的，即如他所说的“伏气温病”至今仍然保留在《温病学》教材中，对这一学说的科学性评价尚未取得统一的意见。其实古人提出“伏气温病”的概念，是因为他们注意到了疾病的远期引发因素，即使是发病急促的传染病也应该追溯较长时间以前的致病原因，而不能及仅仅着眼于近期的情况。如果单从微生物病因学角度分析问题，这种观点是无法理解的，然而外感病初起常常表现出各种不同证型的事实，促使古代医家去探究相应的理论解释，所以提出“伏气温病”的概念，以说明与“新感温病”初期证候和治疗方法的明显区别，这在中医临床上具有重要价值，不能武断地当成糟粕轻易否定。为了保持中医理论体系的完整性，“系统学习，全面掌握，整理提高”的方针是比较可取的。中医教材的“现代科学水平”的标准本来难以确定，教材质量只有在长期的实践过程中逐步提高。
各地中医机构的建立，促进了中医学术的发展。比如北京市公共卫生局自年下半年起，医院、医院设立了中医部，医院设立了中医门诊部，并成立了三百人门诊（量）的综合性第二中医门诊部，作为指导中医业务的核心，原有中医机构也予以充实扩大。至年10月北京市市属中医医疗机构共有中医门诊部两处，医院中医部两处，医院中医门诊部两处，针灸门诊部一处，参加工作的中医共48人。北京市公共医院工作的中医时，充分考虑到维护中医内部的团结，邀请北京市中医学会推荐人选。
通过半年的临床实践，新建立的中医机构在治疗上都取得了一定的成绩。医院中医部内科门诊有效率为72%；病房会诊治疗有效率为68%；针灸科治疗有效率为93%。针灸门诊部门诊治疗有效率为88%；医院用中医针灸疗法治疗急性扁桃体炎有效率为99%。这些不可否认的事实证明，中医对很多慢性病、急性传染病、儿科疾病以及在正骨、痔瘘等方面都有宝贵的医疗经验和科学价值。此外，不少西医长期没有治愈的病例，经中医治疗后痊愈或病情减轻。医院治好了支气管喘息、心内膜炎、高烧不退、胃痉挛等；医院针灸科治好了四肢麻痹、痉挛、小便失禁、风湿性关节炎，内科治好了肾炎、小儿脱肛、腹泻等；医院治好了痛经、消化性溃疡、先兆流产等；医院针灸科治好了癔病、呕吐、关节痛等；第一和第二中医门诊部治好了闭经症、慢性消化不良、支气管喘息、遗尿、慢性胃溃疡、面神经麻痹、半身不遂、关节痛、脱臼、痔核、肛裂等病。针灸门诊部在去年全部个病例中，治愈或治疗有效的占88%。
由于中医在治疗上具有显著疗效，西医开始认识到中医的作用，初步扭转了对中医盲目轻视和不信任的态度。医院中，中西医间的相互了解、沟通加深了，已开始出现一些中西医合作的事例。如治疗急性肺炎，一面输氧气，一面服中药；治疗支气管喘息，一面注射强心剂，一面服中药；还有在外科方面，有用中药红升丹治疗久不收口的外科手术化脓等病的。西医的急救和诊断技术也帮助了中医从容治疗和更为确定的诊断。中西医发挥各自的所长，相互为用，正如医院中医姜大夫说的：“医院后，治病的胆子大了，因为有了依靠，过去不敢治的病，现在也敢治了。”
以上事实说明，直至50年代末仍有一些西医对中医抱有怀疑和歧视的态度。但顽固的偏见并不能阻挡历史潮流，在卫生行政部门和中华医学会的推动下，毛泽东主席关于西医学习中医，整理与发掘传统医学的号召，变成了千万人参加的社会实践，越来越多医院的大门。医院工作的初衷是为了推动西医学习中医，促进中西医团结合作，而客观上却起到了验证中医学术、提高中医疗效的作用。
余云岫等废止中医派人物认为中医经验不过是“偶合幸中，贪天之功”，中医理论是根本没有指导意义的玄学怪论。医院，促使中医从个体封闭的医疗环境走进更加广阔的领域，在实证检查设备面前，把个人的“袖里春秋”摆到科学的殿堂上，在众人面前经受时代的考验。而大量医疗实践的结果，证明了中医理法方药的有效性，使不相信中医的西医改变了观点，鼓舞许多在学术上有了一定造诣的西医走上了中西医结合、整理和挖掘祖国医学遗产的道路，也使中医药从业人员对自己掌握的学术产生了空前的信心。
从年下半年开始，医院和西医学习中医运动的开展，在越来越多疾病的诊治中实现了中西医的团结合作。这是中西医结合的最初形式。中西医团结合作，就是在相互尊重，相互团结的前提下，双方在诊治同一病人的过程中进行配合和协作，主要采取西医诊断，中医治疗或中西医共同治疗的方式，通过临床观察，对中医优于西医的独特疗效加以验证，然后进行总结加以推广。这是一种以临床观察为手段的科学研究。
中医外感热病学说在流行性乙型脑炎的治疗中显示出的优越性，充分说明了在中西医结合的条件下，更能发挥中医外感热病学说的作用。流行性乙型脑炎是一种由蚊子传播的烈性传染病，叮咬过病人或病畜的的蚊虫再叮咬健康人时，将一种嗜神经性病毒染入体内，使大脑神经系统受到侵害，出现高热、剧烈头痛、呕吐、意识障碍、抽搐等，病况与日俱增，经过10天左右，轻者向愈，重者丧生，存活者中将有7-20%的人留下精神失常、失语、痴呆、偏瘫、智力减退等后遗症。建国初期，人民政府把防治各种传染病作为卫生工作的重点之一，一方面采取各种预防措施，一方面积极组织有关的科学研究工作。著名医学科学家钟惠兰、储福棠、微生物学家黄祯祥等，都在流行性乙型脑炎的临床研究或病因研究方面做出了重要贡献。“乙脑”疫苗的研制成功，为进一步开展试验研究和临床预防工作发挥了重要作用。但是，“从发现该病的地区来看，仍略有扩展趋势。人民群众特别是小儿，仍未解除这种可怕的威胁。防止流行性‘乙型’脑炎的危害，就成为我国医药卫生问题上一大迫切需要解决的问题。”流行性乙型脑炎是年中央人民政府卫生部规定的22种传染病之一。一旦发现这种病例，医院、私人开业医师以及普通群众，都必须立即报告卫生行政机关，把患者送入传染病治疗机构进行专门的隔离治疗，同时对发病所在地进行严格消毒，以防蔓延。
然而，专门隔离治疗的效果并非令人满意，医院西医专家高崇基指出：“西医对流行性乙型脑炎的治疗，没有针对病原的特效药物，只是面对这种严重的病状施用一般的对症疗法，高热就用冰枕，头部敷冰袋，温水或酒精擦澡，冰水灌肠，发汗药或退烧药物，但是这些处置对脑炎的高热并不能使之有效的降低；抽风就给镇痉药物，严重的病人也不能终止发作；对脑炎病人的昏迷，根本无办法解救，只能针对呼吸和循环衰竭给予输氧和兴奋呼吸或循环之药物；防止并发症可给予抗生药物，以及安装胃管鼻饲输入饮食水分和服药，其他则系护理方面防止褥疮，尿便处理------总之西医对脑炎的治疗不是主动的根本治疗，而是侧面的治标的方法，并不能达到所期的效果，很多的重病人仍不免遭到死亡的侵袭，血浆疗法及免疫血清疗法，虽可降低一些病死率，但从治疗观点上仍难使人满意。”
以发热为重要特征的外感病，几千年来一直是历代中医学家研究的重点课题，《内经》中的“热病”、《伤寒论》中的“伤寒”、《瘟疫论》中的“瘟疫”、《温热论》、《温病条辨》中的“温病”等，都包含了多种急性传染病，虽然中医古籍中不曾有“流行性乙型脑炎”的记载，但书中对“暑温”、“暑风”、“伏暑”、“暑厥”等病的描述，与“乙脑”的发病季节和临床表现极为相似，中医温热病里所说的暑温，虽然不能指定就是流行性乙型脑炎，但至少流行性乙型脑炎应该包括在中医的暑温之中。中医治疗温病的丰富经验是值得借鉴的。但是这一点开始并没有引起人们的注意，中医师们听到“乙脑”这种从未听说过的烈性传染病，也不敢用治疗温病的传统方法进行治疗，只是在党的中西医结合方针得到初步落实后，医院，才有机会在西医明确诊断和配合治疗的情况下，征服“乙脑”这种烈性传染病，从而大显了自己的身手。
卫生部部长助理郭子化在年中华医学会第十届会员代表大会上介绍说：“年8医院曾有6例流行性乙型脑炎由中医治愈，但当时并未引起各方面的注意。而有组织有领导的在中西医密切配合下由中医主治流行性乙型脑炎则是在年毛主席对中医工作指示后医院首先开始的”。
年石家庄市传染病院中医治疗“乙脑”取得了举世瞩目的成绩。石家庄市开业中医郭克明，于年积极响应党的号召，放弃私人诊所，进入石家庄市传染病院参加工作。“乙脑”流行期间，他在石家庄市传染病院和石家庄市卫生局领导的支持下，开展了中医药治疗“乙脑”的工作。其治疗方法主要是解毒、清热、养阴，并忌发汗、忌泻下、忌利尿、忌用辛燥刺激等兴奋药、忌用冰袋冷敷等；所用方药则是以白虎汤为主，重要药物有石膏、全蝎、蜈蚣、犀角、羚羊角、安宫牛黄丸等，一般患者服药后都能在短期内退烧，1至2周痊愈出院，很少留有后遗症，半数以上属极重型病例的34例“乙脑”患者，经用中药治疗竟然全部获愈！这一消息在“乙脑”死亡率高达30—50%的当时，对整个医学界犹如一声惊雷！
中央卫生部对中医治疗流行性“乙型”脑炎的问题十分重视。从北京等7个城市选派了17名有多年在传染病院工作经验的西医到石家庄市传染病院进修学习，并于年春派遣工作组前往石家庄市调查年中医治疗“乙脑”的情况。“但由于调查组的某些同志思想不纯，在那富有政治意义和科学事实的面前，不是用积极的负责态度，从政策思想和辩证唯物主义的科学态度出发，诚恳地搞清事实和协助解决问题，而是一味地挑剔这不是，那也不是，甚至提出‘是否是流行性乙型脑炎’的‘怀疑’，来企图否定一切。”最后这个调查组并没有得出可信的结论。
年8月，卫生部决定重新派遣视察组，实地考察中医治疗流行性乙型脑炎的情况和当地举办的中医治疗“乙脑”训练班的教学效果。视察组由卫生部部长助理郭子化负责，由医院、医院、北京市医院及卫生部抽调的2名中医和4名西医组成，他们8月17日抵达石家庄，通过座谈、访问、听汇报、临床观察等各种形式进行了深入的考察。视察组成员、医院西医高崇基回忆说：“我们看到医院里中医治疗的10名流行性乙型脑炎的病人，他（她）们都很安详地住在病房里，有的尚在恢复，有的已经开始练习活动了，他们都是非常高兴。但是当住院时的严重情况，由于高烧和神志昏迷的缘故，他们自己却是不知道的；家属们告诉我们说：‘来的时候已经不行了，任事不懂了，要不是到这里来治，人就算完了------’言际笑容满面，喜形于色，足够证明住院当时病人情况的危笃，和如今两种不同的心情了”。“有的同志怀疑到诊断是否正确的问题，和治疗效果是否肯定的问题，我们翻阅了年度中医治疗的病案（石市传染病院），并在临床观察了10例病人，医院的工作人员及病人家属，以及治疗脑炎短期训练班学员们的座谈，我们有根据地说，在临床诊断上流行性乙型脑炎是确定的，中医治愈率的统计结果也是肯定的。首先石家庄是乙型脑炎的流行区，发病季节又与乙型脑炎相符合，年龄性别上又不专限于某些个别情况，症状表现及身体检查神经系统症状都和乙型脑炎相同；化验检查方面，血液、脑脊液检查及血清学检查，也不例外地都证实了乙型脑炎的诊断。”截至8月22日，年度石家庄市传染病院中医治疗的20例乙型脑炎中，治愈者17例（包括重型和极重型者9例，轻型者7例），死亡者3例（一例因并发中耳炎败血症未兼治而死亡，一例因治疗过晚而死，一例死因未明）。总结年34例、年20例“乙脑”病人，治愈率分别为%和90%以上，“这样卓越的疗效，在近代医学中对流行性乙型脑炎的治疗效果上，无出其右者。”
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