疾病的分类方法主要有四种
一、从形态分：
以隆、赤巴、培根来区分。隆病42种，赤巴病26种，培根病33种。共计种病。
二、从疾病性质分：
分为本系、旁系两类。
本系疾病分为增型和损型，又各分别有增、极增、特增和损、极损、特损之异，共18种病。
旁系病分合症、并症、并发症三型，其中合症、并症各分成均增型、偏增型和均损型、损型。
本系旁系的疾病共计74种。旁系中的并发症有27种。上述病症合为种。
三、按疾病发生部位分：
大致分为身、心两部位的疾症。
心病指疯狂、癔病等。
身体病包括内脏、头部五官、咽喉部等部位病，身体下部包括二阴病，还有皮肤病，脉络、骨骼等部位病。
以及身体内外的赤巴病，水肿、膨胀、疾病、热病、中毒等。
总数共计种。
四、以疾病种类分：
分为身体内部病、疮伤、热症、杂症等，合计也是种。
以上四种分类方法共计疾病种，与佛教“四大”学说思想相关，反映了佛学文化的丰富内含。但现代藏医学已不仅局限于这四种分类法了。
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